如果同學是應屆國家統一高考內地學生（包括重讀生），會以內地高考生身份直接向香港科技大學遞交入學申請。如果同學是內地學生，但參加的是港澳台聯考、英國普通教育高級程度証書、國際文憑（IB）等考試，則須以國際學歷（International Qualifications）報讀。
香港科技大學在內地獨立招生，並不參加全國普通高校統一招生計劃（統招），不佔統招志願。有意申請入學的學生必須在本校入學申請截止日前通過網上申請系統直接向香港科技大學提交入學申請。截止日期一般為六月。
同學以內地高考生身份遞交申請時只能選擇一個課程志願，同學亦可按需要額外選擇調劑志願（Alternative Choice）。