如果同学是应届国家统一高考内地学生（包括重读生），会以内地高考生身份直接向香港科技大学递交入学申请。如果同学是内地学生，但参加的是港澳台联考、英国普通教育高级程度证书、国际文凭（IB）等考试，则须以国际学历（International Qualifications）报读。
香港科技大学在内地独立招生，并不参加全国普通高校统一招生计划（统招），不占统招志愿。有意申请入学的学生必须在本校入学申请截止日前通过网上申请系统直接向香港科技大学提交入学申请。截止日期一般为六月。
同学以内地高考生身份递交申请时只能选择一个课程志愿，同学亦可按需要额外选择调剂志愿（Alternative Choice）。