理學B組課程專為對自然科學感興趣的同學而設。在第一個學年，學生會修讀理學基礎課程、語文、選修及 / 或通識教育課程。在完成首年課程後，理學院學生除可以選擇由理學院所提供的主修課程之外，也可以選擇學院合辦課程或跨學科課程：
理學士（生物化學及細胞生物學）
理學士（生物科技）
理學士（生物醫學及健康科學）*
理學士（化學）
理學士（海洋科學與技術）
理學士（海洋科學與技術 — 數碼媒體及創意藝術延伸主修）
理學士（環境管理及科技）#
跨學科自選主修課程#
科技及管理學雙學位課程#
*學院合辦課程 #由跨學科學院提供
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理學院提供兩個學院制入學課程：理學A組及理學B組。理學A組課程為對數理科學感興趣的學生而設，而理學B組則專為對自然科學感興趣的同學而設。
國際科研課程是專為將來有志於從事科研工作，並希望盡早在本科階段接觸研究的學生而設。課程著重培養學生好奇心和毅力，此乃成為傑出科研人員不可或缺的重要特質。此課程以理學課程為基礎，加強學生專門的學術知識，並提早培養學生的研究能力。
國際科研課程有著與理學A組及B組課程相似的課程架構，並為學生提供以下的機會及支持：
自由選擇入讀主修課程，包括生物化學及細胞生物學、生物科技、化學、數學、海洋科學與技術及物理
參與由世界一流教授指導的前沿科研項目
獲得與諾貝爾得獎者及知名科學家交流的機會
獲得個人化研究指導
獲保證參加本科生研究計劃（UROP）
獲機會到海外頂尖大學或研究機構參加交流及實習
在海外頂尖大學或研究機構暑期研究實習
獲得獎學金資助海外學習費用
大部份學生於畢業後到世界各地知名大學修讀研究生課程。
透過在香港科技大學的學習，我看到了一個更大的世界，並在智能和心理上成長為更豐富的人...
